Gregor Mendel was een 19de-eeuwse Augustijnen die de vader van de moderne genetica genoemd wordt. In Genotype ben je een van zijn assistenten en ga je de strijd je aan experimentele gegevens over erwtenplanten te verzamelen. Dat doe je door te bepalen hoe de planten hun belangrijkste eigenschappen overerven: zaadvorm, kleur van de bloemen, kleur van de stengel en hoogte van de plant. De waarneembare eigenschappen van een erwtenplant (het fenotype) worden bepaald door de genetische samenstelling (het genotype).
De relatie tussen genotype en fenotype en de aard van genetische overerving vormen de kern van Genotype: een spel over Mendeliaanse genetica. Tijdens het spel krijg je erwtenplantkaarten met daarop een reeks fenotype-eigenschappen die je probeert te produceren en te verzamelen (zoals roze bloemen en een hoge plant) om punten te scoren. Elke ronde worden de dobbelstenen gegooid om te bepalen welke planten gekweekt worden. Zo kunnen de eigenschappen ontstaan waar je naar op zoek bent. Daarna kiest elke speler om de beurt een aantal dobbelstenen om hun erwtenplantkaarten te voltooien of hun onderzoek te bevorderen. De eigenschappen die tijdens het dobbelen worden geproduceerd, zijn in feite gebaseerd op vierkanten van Punnet, waarbij de ouderplanten telkens één gen doorgeven.
Door de genen van deze ouderplanten te veranderen, kunnen spelers de kans verhogen dat de gewenste eigenschappen gedobbeld worden. Dobbelstenen inzetten om erwtenplantkaarten voltooien is de belangrijkste manier om punten te scoren in dit spel.